Danas, ljudi koji žele isporučiti robu (ili premjestiti ljude) vjerojatno će shvatiti da se ne mora uvijek držati samo jednog načina prijevoza. Primjerice, teret se može iskrcati s broda na kamion, koji ga prenosi na raildard, odakle će vlakom preći preko zemlje. Intermodalni prijevoz može biti učinkovitiji i jeftiniji; u nekim slučajevima, međutim, ima izražene nedostatke u pogledu brzine i pouzdanosti.
Ubrzati
Iako intermodalni transport nudi prednosti relativno niskih troškova u usporedbi s drugim metodama, to se postiže žrtvovanjem brzine; svaki put kad se teret prenosi na relativno sporije putovanje, na primjer vlakove koji rade na fiksnim tračnicama i koji možda ne nude izravnu rutu kao ceste koje koristi kamion, usporava. Kako bi se postigla maksimalna učinkovitost, intermodalni prijevoz također mora smanjiti vrijeme čekanja u skladištima za dolazak novog prijevoznika ili iskrcavanje tereta.
Nedostatak pouzdanosti
Zbog oslanjanja na više od jednog načina tranzita, intermodalni prijevoz također podliježe nižoj ukupnoj pouzdanosti; Kako lanac različitih načina raste, tako se povećava mogućnost da se bilo koja karika u lancu razbije. To je posebno problematično kada je jedan od načina prijevoza željeznica; željeznice su osjetljivije na kašnjenja zbog lošeg vremena ili kvara na opremi. Iz tog razloga, kao i zabrinutost zbog brzine, brodari koji zahtijevaju pouzdan i brz prijevoz manje je vjerojatno da će razmotriti intermodalne sustave.
Šteta
Kad god se teret mora miješati, otpremnici riskiraju mogućnost oštećenja jer se teret prevozi s jednog načina prijevoza na drugi. Srećom, ova se opasnost može ublažiti, ali to općenito uključuje prekomjerno pakiranje dodavanjem više oslonaca i zaštitnog materijala nego što bi se inače smatralo dostatnim. Ta dodana težina i trošak djelomično suzbija prednosti intermodalnog prijevoza u smislu energetske učinkovitosti i troškova.
Visoki troškovi infrastrukture
Intermodalni teretni prijevoz također pati od relativno visokih troškova infrastrukture. Kontejnerizacija je smanjila troškove i poteškoće pri transportu robe standardiziranjem njihovog oblika; brodari mogu lako premjestiti isti kontejner s broda na vlak do kamiona. Međutim, rukovanje tim spremnicima zahtijeva da brodari imaju teške dizalice i opremu potrebnu za rukovanje velikim spremnicima; ta infrastruktura možda ne postoji na svim mjestima, osobito u zemljama u razvoju.